Agresijom na Republiku Hrvatsku 1991. godine najžešće je napadnut Vukovar. Puna tri mjeseca trajalo je sustavno razaranje Vukovara. Stotine tisuća projektila palo je na grad, nesmiljeno uništavajući stambene zgrade, kuće, vrtiće i škole, tvornice, spomenike kulture i bolnicu. Nakon neravnopravne borbe, Vukovar je okupiran 18. studenoga 1991. godine. Okupacijom grada uslijedila su masovna smaknuća zarobljenih hrvatskih branitelja i civila te pljačka i progoni civila među kojima je bilo puno starih, bolesnih, ranjenih, žena i djece. Crna statistika Vukovara govori o 2717 ubijenih osoba, hrvatskih branitelja i civila među kojima je 200 ranjenika, civila i bolničkog osoblja pronađenih na stratištu Ovčara. Najmlađa osoba imala je 16, a najstarija 77 godina. Među identificiranim žrtvama bio je i Stjepan Petrović, voditelj Zbirke Bauer Gradskog muzeja Vukovar.
Nakon okupacije Vukovara, gotovo 3000 branitelja i civila odvedeno je i zlostavljano u srpskim koncentracijskim logorima. Još uvijek se gotovo 150 osoba vodi među nestalima. Nakon okupacije Vukovara, nesrpsko stanovništvo protjerano je iz svojih domova, te su najmanje 7 godina progonstva proveli u više od 560 mjesta širom Hrvatske. Povratak je uslijedio 15. siječnja 1998. godine, nakon provedbe procesa mirne reintegracije hrvatskog Podunavlja u ustavno pravni poredak Republike Hrvatske.
Među spomenicima kulture teško je razoren i dvorac Eltz i Gradski muzej Vukovar. Muzejske zbirke su otuđene i odvezene u Novi Sad i Beograd, Republika Srbija. Otuđene zbirke vraćene su u Vukovar zalaganjem Ministarstva kulture RH tek 2001. godine. Muzej je nastavio svoje djelovanje prvo u Muzejskom dokumentacijskom centru, a zatim u Muzeju Mimara u Zagrebu. Povratak na domicilnu adresu uslijedio je 27. svibnja 1998. godine, gdje je Muzej u razrušenom zdanju dvorca Eltz nastavio niz aktivnosti na kulturnoj obnovi grada Vukovara, započetoj već 1992. godine formiranjem Zbirke donacija Muzej Vukovara u progonstvu, kao izrazu okupljanja ljudi dobre volje oko ideje mira i zajedništva i pobjede dobra nad zlom.
Ružica Marić, ravnateljica Gradskog muzeja Vukovar
Razoreni kompleks dvorca Eltz i Gradski muzej Vukovar, siječanj 1992., foto: Vladimir Červenka
Dio razorenog kompleksa dvorca Eltz s pogledom na Dunav, siječanj 1992., foto: Vladimir Červenka
Razoreni Veliki dvor kompleksa dvorca Eltz i Gradski muzej Vukovar, siječanj 1992., foto: Vladimir Červenka
Veliki dvor i Gradski muzej Vukovar, sjeveroistočno pročelje snimljeno iz perivoja, siječanj 1992., foto: Vladimir Červenka
Dvorac Eltz i Gradski muzej Vukovar, jugozapadno pročelje snimljeno s ulice, siječanj 1992., foto: Vladimir Červenka
Dvorac Eltz i Gradski muzej Vukovar, ulično pročelje s izgorenim drvoredom, siječanj 1992., foto: Vladimir Červenka